Hola, os dejo un script que he hecho para hacer backup de maquinas virtuales para vmWareServer 2.0 corriendo en Linux.
Uso el comando vmrun para parar y arrancar la maquina. El script para por completo la maquina y luego la arranca, pero se puede hacer que se pause y "despause" con el vmrun.
Dejo los nombres de mi host y maquina para que se vea mas claro el ejemplo, la IP pongo 0.0.0.0 con lo que hay que cambiarla por la IP de vuestro host vmWare.
Ale, aquí lo tenéis:

#!/bin/sh

# Configuracion de variable
BackupDir="/mnt/DataStore3"
DataStore="[DataStore2]"
VMdir="/mnt/DataStore2/Gestion2"
VMdirName="Gestion2"
VMfile="Gestion2.vmx"
VMwareCmdPath="/usr/bin/vmrun"
VMHost="https://0.0.0.0:8333/sdk"
VMUsuario="USUARIO"
VMClave="CLAVE"

# Strings
rsInicio="Inicio"
rsPararVM="Deteniendo VM..."
rsArrancarVM="Iniciando VM"
rsFin="Hora de fin:"

#Definir maquina origen y destino de backup
VMpath="$VMdirName/$VMfile"
Today=$(date +'%Y%m%d%H%M')
BackupDestinationDir="$BackupDir/$Today"

# Parar maquina virtual (requiere VMWareTools)
echo $rsInicio $(date +'%Y-%m-%d %H:%M')
echo $rsPararVM; $VMwareCmdPath -T server -h $VMHost -u $VMUsuario -p $VMClave stop "$DataStore $VMpath"

# Copiar la maquina al destino de backup
mkdir "$BackupDestinationDir"
echo Copiando...
echo Origen: $VMdir Destino: $BackupDestinationDir
cp -r "$VMdir" "$BackupDestinationDir"

# Arrancar la maquina virtual
echo $rsArrancarVM; $VMwareCmdPath -T server -h $VMHost -u $VMUsuario -p $VMClave start "$DataStore $VMpath"

#Marca de hora de fin
echo $rsFin $(date +'%Y-%m-%d %H:%M')